Cheng Li

Cheng Li

Li C

Dr. Cheng Li’s group has developed many novel gene expression and SNP microarray analysis and visualization methods, and implemented and maintained highly-cited genomics analysis software such as dChip and ComBat. The long-term goal of his research is to contribute to personalized cancer medicine through statistical modeling of high-throughput genomic data. Specifically, 1) Develop rigorous statistical analysis models to accurately detect genomics alterations in cancer; 2) Develop statistical and computational models to identify novel cancer drug targets; 3) Collaborate closely with biologists and clinicians to validate candidate drug targets and achieve clinical relevance.

李程于1991至1995年就读于北京师范大学数学系计算机专业, 获得学士学位。1997至2001年在加州大学洛杉矶分校统计系师从美国科学院院士Wing H. Wong,获得统计学博士学位。期间开发的生物芯片底层分析模型 Li-Wong 模型 (Li and Wong 2001) 被引用3000次以上。2002至2013年在哈佛大学生物统计系、Dana- Farber Cancer Institute担任助理教授、副教授从事研究与教学工作。研究组开发的dChip软件 (几万行C++代码,近300项功能更新)、ComBat 等系列数据分析算法和软件被广泛应用于基因表达和SNP 生物芯片的数据分析和可视化,文章被引用4000余次。2013年4月开始在北京大学生命科学学院、生命科学联合中心、生物信息中心、统计科学中心工作。研究组的工作获得多项美国国家卫生院基金资助,在SCI刊物上发表学术论文97篇,包括以通讯作者在Leukemia, Nucleic Acids Research, Bioinformatics, BMC Genomics, PLoS Computational Biology, Plos One, Biostatistics等刊物发表的17篇论文。论文一共被引用20,000次以上,H-index为46。实验室使用生物、统计、计算等跨学科手段,提倡并培养研究人员和学生的科研锻炼与合作精神。多名承担过实验室项目的学生毕业后在美国知名大学任教,如 Sheng Zhong (UCSD,副教授)、Evan Johnson (Boston U,助理教授)。

研究问题

我们关心癌症形成和治疗中的重要问题。以基因组技术和生物信息为主要手段,和生物学家、临床医生紧密合作,产生基因组实验数据,使用统计和计算方法建立模型、提出生物假说,再用生物实验验证。目前的研究围绕“理解药物敏感性,发现新药物靶点”的主题,课题例子包括:调控细胞周期通路的小RNA网络,多发性骨髓癌中的非整倍体,网络元件在抗药性和敏感性中的作用。

实验室提供的资源

在统计、生物信息、癌症基因组学方面得到多种科研技能的锻炼与指导。

使用高性能计算集群进行大规模科学计算。

在每周的实验室组会和课题会上讨论研究进展,定期与美国哈佛大学、北京肿瘤医院、中科院上海生命科学院的合作组讨论课题。

参加北京大学生命科学学院、生物信息中心、统计科学中心的学术报告和交流活动。

选拔高年级研究生到美国知名大学合作者的实验室访问与交流,包括学校项目。