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| 名称 cn3d |
时间 |
| 版本 |
操作平台 Windows |
| 功能简介 See in 3D的缩写.允许你在线作为客户端可视并交互地观察NCBI Entrez数据库的立体蛋白序列,也可用来离线观察蛋白序列与序列排序.读取MMDB格式文件，不能读取PDB格式文件，但可以输出为PDB格式文件.这是与RASMOL的最大不同. |
| 名称 crystinfor |
时间 |
| 版本 |
操作平台 Windows |
| 功能简介 CrystInfo 1.0是一个Windows应用程序，用来快速、容易地构建、观察与检查晶体结构.可以使用几个分子展示模式,并且根据内建的光线追踪算法也可以使绘出的图像带光影效果，如阴影与反射效果.晶体的任何参数可以随意调整，可以改变晶体内单个原子、原子类型与键型，并可以改变晶体自身的空间群体与单位晶格的参数. |
| 名称 eMolecule |
时间 |
| 版本 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 eMolecule读取一个由Zuker编写的PCFOLD程序生成的.CT文件,并显示出与该文件描述的分子结构相应的2D图象. |
| 名称 FAST |
时间 May 1989 |
| 版本 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 FAST用于研究蛋白质的结构,它可以根据特殊氨基酸的参数绘出蛋白质的外形轮廓. |
| 名称 ICMLite |
时间 |
| 版本 2.7 |
操作平台 Windows |
| 功能简介 3维分子浏览工具,是MolSoft公司出品的软件ICM的简化版,免费推出.但功能十分强大.可读取PDB格式及其他数种格式的分子文件,易于操作,显示的分子图像我认为优于RasMol,值得一试.还可以进行一些计算操作. |
| 名称 JMVC |
时间 |
| 版本 2 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 Java3D Molecular Visualisation System 的缩写,使用JAVA技术编写的三维分子查看器，需要安装Java3D，2.1M，后才能执行，此版本使用浏览器执行，也可到原始网站下载Java源程序. |
| 名称 Melprot |
时间 Mar. 14 1990 |
| 版本 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 Melprot是一个自解压的BASIC源程序包,其功能是为蛋白质预测和描绘二级结构. |
| 名称 Molecule |
时间 May 25 1987 |
| 版本 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 Molecule是一个Turbo Pascal源程序,编译后程序可以读取Zuker的FOLD程序生成的一个
*.CT数据文件,并使用TURBO Graphix Toolbox绘图程序绘出结构图. |
| 名称 Moilin |
时间 |
| 版本 2.3 |
操作平台 Windows |
| 功能简介 分子构建与观察软件，是Tinker软件的Windows界面程序. |
| 名称 molmol |
时间 |
| 版本 2k.1.0-bin |
操作平台 Windows |
| 功能简介 主要用来进行各种分子文件的转换,支持30种主要分子格式,也可以用来进行3维分子的简单显示.可将PDB格式输出为POV格式后，用POV-RAY进行渲染，生成非常漂亮的三维图形.演示版只支持样板文件与原子数小于20的分子文件格式的转换.
不知是否有取巧的办法. |
| 名称 MolPOV |
时间 |
| 版本 2.0 |
操作平台 Windows |
| 功能简介 MolPOV是PDB格式至POV格式转化工具,可以将大分子PDB格式文件转化为POV 格式,
以便用pov-ray进行三维渲染,生成质量非常高的分子三维图形. 软件有许多选项,只需设定这些选项，便能生成相应的POV格式文件，直接调用Pov-Ray软件，生成相应的非常高质量的三维图像. |
| 名称 Ortep-3 |
时间 |
| 版本 |
操作平台 Windows |
| 功能简介 用来生成分子的热椭圆形点图.可结合使用POV-RAY生成漂亮的分子图. 图片与动画栏目有12张本软件生成的分子艺术图片.安装时需要密码,可免费向ortep3@chem.gla.ac.uk
发信索取. |
| 名称 Oscail |
时间 |
| 版本 8 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 用来处理、定义与检查小分子单晶的软件包，可以显示高质量图片，也可进行三维渲染，还可以进行动画处理.软件包内还包括了粉晶谱（Powder
pattern）模拟软件. |
| 名称 Pcfold |
时间 |
| 版本 4.0 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 Pcfold 用来预测RNA的二级结构. 本程序解压后包含两个版本的 Pcfold：Pcfold.exe,它含有一个陈列包裹，可以延长其所能分析的碱基数(
最大至425个 );和Pcfold2.exe它最多只能分析345个碱基. |
| 名称 PCMolecule2 Lite |
时间 |
| 版本 2.0 |
操作平台 Windows |
| 功能简介 为PCMolecule 2.0的简化版,免费推出，用来方便地查看PDB格式文件，可自由设定背景颜色、打光方向,并能根据设定让分子自动旋转.可惜与正式版比较,功能太少. |
| 名称 Povwin3 |
时间 |
| 版本 |
操作平台 Windows |
| 功能简介 是一个高质量、完全免费创造最棒三维图像的非常有名的工具，用在分子生物学上， 便是用它生成高质量的三维大分子图像.见过Science封面上漂亮极的分子图像吗？便是用它与Rasmol结合制作出来的.运算POV格式文件,生成三维图形，非常棒. |
| 名称 Predator |
时间 |
| 版本 2.1 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 Predator根据单个序列或多个序列进行蛋白质二级结构预测，对于单独的序列,准确率可达到68%,对于一些相关序列,准确率可达75%.
Predator不需要多序列比对程序,但其依赖于查询序列所在序列集的准确的双序列局部比对. |
| 名称 Predict |
时间 1989 |
| 版本 1.2 |
操作平台 DOS |
功能简介 Predict搜寻N端糖基化位点(N-glycosylation sites)并使用程序启动提到的的数学方法来计算并预测蛋白质结构.可预测肽链最大长度为1800个氨基酸.
－这些数学方法是:
hydrophilicity (Hopp & Woods 1981)
hydropathy (Kyte & Doolittle 1982)
flexibility (Karplus & Schulz 1985)
surface probability (Emini 1985 & Janin 1978)
antigenicity (Welling et al. 1985)
secondary structure (Garnier et al. 1978) |
| 名称 rasmol |
时间 |
| 版本 2.7 |
操作平台 Windows |
功能简介 RasMol是一个蛋白质三级结构图形显示程序,其功能十分齐全. 它可以以多种形式显示三级结构(Wireframe,Backbone,Sticks,Spacefill,Ball&Stick,Ribbons,
Strands).
他支持的文件格式包括Brookhaven Databank(*.pdb;*.ent),Alchemy File Format (*.alc;*.mol),CHARMm
File Format(*.chm),MSC(XMol)XYZ Form(*.xyz),MDL Mol File Format(*.mdl;*.mol),Sybyl
MOL2 Format(*.syb;*.mol).巨棒!!! |
| 名称 RNA draw |
时间 |
| 版本 1.1b2 |
操作平台 Windows |
| 功能简介 RNA draw 是 RNA 二级结构分析软件,可通过设定参数对RNA一级序列进行分析，计算其二级结构.此软件功能强大，其最大特色在于其很强的右键功能. |
| 名称 RNAstructure 3.5 |
时间 |
| 版本 1.0（缺） |
操作平台 Windows |
| 功能简介 Unix平台软件mfold的for Windows版本，输入或载入RNA的一级序列,根据最小自由能原理,依据一定算法,预测出其二级结构图，非常出色的一个程序. |
| 名称 Spdbv |
时间 |
| 版本 3.7b2 |
操作平台 Windows |
| 功能简介 即Swiss-PdbViewer，是一个界面非常友好的应用程序，使用起来比RASMOL 方便,用来同时分析几个蛋白PDB文件.可以将几个蛋白叠加起来用来分析结构类似性，比较活性位点或其它有关位点.通过菜单操作与直观的图形,可以很容易获得氢键、角度、原子距离、氨基酸突变等数据.
该软件与Swiss-Model服务器（蛋白立体结构构建服务器）紧密关联，可以从软件直接连到Swiss-Model服务器进行理论蛋白立体结构构建.而且，该软件可以调用POV-Ray软件（见上）生成质量非常高的蛋白图像. |
| 名称 Stride |
时间 |
| 版本 1.0 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 Stride从原子排列中(atomic coordinates)预测(assignment)蛋白质二级结构. |
| 名称 StrukEd Demo |
时间 |
| 版本 |
操作平台 Windows |
| 功能简介 化学分子编辑与三维模型生成软件StrukEd Demo，用来方便的编辑化学分子二级与三级结构，同时可以进行一些简单量子化学与电子结构计算，支持POV-Ray格式输出,可用POV-Ray进行分子三维结构进一步渲染,生成非常漂亮的分子艺术图片.
Demo 版有一些限制，包括可编辑原子小于10个等等. |
| 名称 Tcl 8.0和RnaViz 1.0 |
时间 |
| 版本 |
操作平台 |
| 功能简介 RNA二级结构图绘制程序.可生成发表质量的二级结构图，可显示一些特殊结构.先安装Tcl 8.0,再安装RnaViz
1.0 . |
| 名称 Tinker |
时间 |
| 版本 3.8 |
操作平台 |
| 功能简介 为DOS下的分子设计建模软件,可使用许多常用参数集,英文使用手册,482K，PDF格式. |
| 名称 VMD |
时间 |
| 版本 1.6a3 |
操作平台 Windows |
| 功能简介 用来显示生物分子的微观立体结构，更棒的功能是可以利用内建的功能，做出动画效果. 非常酷. |
| 名称 WLViewerLite |
时间 July 1997 |
| 版本 3.7 |
操作平台 Windows |
| 功能简介 即Weblab Viewlite ,三维分子浏览工具,是分子模拟公司出品的软件Weblab ViewPro
的简化版,免费推出,但功能也十分强大. 可读取PDB格式及其他数种格式的分子文件,易于操作,性能不差于RasMol,值得一试. |
| 名称 WPDB |
时间 |
| 版本 2.2(缺) |
操作平台 |
| 功能简介 美国国家计算机科学与工程学实验室开发的基于Windows的PDB 文件查询与处理分析软件，全套软件下载后，其数据库中，含有6097个蛋白序列的PDB文件，
为1997年7月的全部PDB文件.可进行各种检索、序列排队检索、氨基酸特性图分析、3D结构显示、几何学计算(键角、键长等等) 等等功能,可以直接调用Rasmol观看3D结构.可以使用WPDBL建立自己的PDB文件数据库. |
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