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| 名称 ANTHEPROT |
时间 |
| 版本 5.0 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 蛋白序列分析软件包ANTHEPROT 5.0，包括了蛋白质研究领域所包括的大多数内容，功能非常强大。应用此软件包，使用个人电脑，便能进行各种蛋白序列分析与特性预测,包括：进行蛋白序列二级结构预测；在蛋白序列中查找符合PROSITES数据库的特征序列；绘制出蛋白序列的所有理化特性曲线；在Internet或本地蛋白序列数据库中查找类似序列；计算蛋白序列分子量，比重与各蛋白残基百分组成；计算蛋白序列滴定曲线与等电点；选定一个片段后，绘制Helical Wheel图；进行点阵图（Dot Plot）分析；计算信号肽潜在的断裂位点等功能。强烈推荐,所有研究蛋白的人员均应使用。
分析蛋白序列所需要的Prosite蛋白数据库 1.4兆 与Swiss-Prot蛋白数据库39版，90兆左右，压缩格式，含有86′593个蛋白序列条目，近3000万个氨基酸残基组成。已放在生物软件光盘中。下载后，将其放置在ANTHEPROT 5.0同一个目录，便可在本地使用程序的检索功能，不需联网查询。 |
| 名称 CONSENSE |
时间 |
| 版本 |
操作平台 |
| 功能简介 CONSENSE用于识别序列（蛋白）结构域，提高比对效率，Toggling between file formats，并从比对中获得保守序列片段. |
| 名称 Epitlot |
时间 October 1989 |
| 版本 1.0 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 Epitlot可以从蛋白质的一级结构预测它们的B细胞和T细胞抗原位点。本程序用13种不同的尺度(scales)计算和划分flexibility,hydrophilicity and antigenicity profiles，然后利用抗原结构已知的蛋白来选择预测较为准确的尺度。T细胞抗原决定基预测的基础是已发表的法则，那就是algorithms focused on amphiphilic structures and characteristic sequence patterns |
| 名称 Ez-fit |
时间 November 14,1988 |
| 版本 1.1 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 Ez-fit 是一个用于分析酶动力学( enzyme kinetic)数据的curve-fitting
程序。它是一个交互软件，它可以填充实验数据到模式方程中(fits experimental data to a variety of model equations)去。本程序专为酶动力学或受体动力学数据(enzyme or receptor kinetic data)的衰退 分析(regression analysis)而设计。它提供可靠的参数来评估和测定填充到所选择模型的数据的正确性。Ez-fit提供的功能有：data entry, editing, filing, and plotting。本软件可以一次分析90个数据对(data pairs)。 |
| 名称 FAST |
时间 May 1989 |
| 版本 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 FAST用于研究蛋白质的结构，它可以根据特殊氨基酸的参数绘出蛋白质的外形轮廓。
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| 名称 MACAW |
时间 |
| 版本 2.05 |
操作平台 DOS |
功能简介 多序列构建与分析工作台软件(Multiple Alignment Construction & Analysis Workbench, MACAW)是一个用来构建与分析多序列片段的交互式软件。MACAW具有几个特点：
1. 新的搜索算法查寻类似区，消除了先前技术的许多限制;
2. 应用一个最近发展的数学原理计算block类似性的统计学显著性;
3. 使用各种视图工具，可以评估一个候选block包含在一个多序列中的可能性;
4． 可以很容易地编辑每一个block。
在多序列中查找一个类似片段并不是一件简单的事，主要是因为要查找的量极大。这正式MACAW所要解决的问题。 |
| 名称 ProfileGraph |
时间 October 1991 |
| 版本 1.3 |
操作平台 Windows95/98 |
| 功能简介 ProfileGraph可以帮助用户分析蛋白质序列。它通过绘出序列的外形图(plotting profiles of the sequence)到显示器或不同的输出设备上来完成这一点。这些外形图源自于应用特殊的氨基酸参数(application of amino-acid specific parameters)，一个著名的例子是hydrophobicity plot。 |
| 名称 PrimerGen |
时间 |
| 版本 1.1 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 PrimerGen搜索一个氨基酸残基链并按照用户需要的长度范围及最大简并数目来反向翻译出寡核苷酸引物。 |
| 名称 Prana |
时间 |
| 版本 |
操作平台 DOS |
功能简介 Prana 一个易用的分析软件。它用来研究在功能性质或进化(by activity, property,
evolution)上不同的两个蛋白质/多肽家族(protein/peptide families)
的结构（structure）功能（activity）之间的关系。
Prana主要被用于以下几个方面：
- to find sites and site characteristics that may be responsible for
observed difference in activity or property of a
proteins/peptides;
- to classify newly sequenced proteins/peptides;
- to assist in simulation of protein engineering experiments. |
| 名称 ProAnal |
时间 1995 |
| 版本 2.0 |
操作平台 DOS |
功能简介 ProAnal是一个整合应用系统。它被用于解决在分析进化相关的或人工突变的家族蛋白质或多肽[a family of evolutionary related (or/and artificially mutated) proteins and peptides]的结构和功能之间的关系(relations between structure and activity)方面所遇到的问题。ProAnal同时也可对蛋白质序列进行多重分析(multifunctional analysis)以及设计蛋白质工程试验(protein engineering experiments)。
ProAnal应用有功能数据的氨基酸序列比对并寻找功能数据和在一级结构区域上的不同的物理化学特征（参数）之间的关系。本程序应用不同的氨基酸物理化学因素和十个不同的方程来计算物理化学特征（参数）。在自动模式下程序生成并验证(generates and verifies)假设(hypotheses)的蛋白质功能－信号区域(activity-modulating regions)的位置同时给出这些区域的关键特征(参数)。在手动模式下用户可以生成并分析自己的假设。 |
| 名称 PROANALYST |
时间 |
| 版本 1.02 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 PROANALYST是一个研究蛋白质结构功能定量关系的整合应用系统。PROANALYST 可
以 检 验 蛋白质 的一级结构和三级结构中的不同区域上的物化性质(physico-chemical characteristics)『或其氨
基酸残基上的化学基团(amino acid residue composition)』和其功能之间的联系。 PROANALYST提供有多种功能：多元统计(multivariate
statistical)，模式和外形分析(pattern and profile analyses), 物理化学和蛋白质序列及3D结构字母顺序分析(physico-chemical
and alphabetical analyses in protein sequences and 3D structures);
蛋 白 质 工 程 实 验 设计 (protein engineering experiments design)。 |
| 名称 Proanwin |
时间 |
| 版本 2.0 |
操作平台 Windows95/98 |
| 功能简介 Proanwin是一个蛋白质序列和结构分析程序，它用于研究蛋白质家族的结构功能之间的关系及设计蛋白质工程试验。 |
| 名称 Prosearc |
时间 |
| 版本 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 Prosearc是一个有关详细的酶活及其结构(particular enzymatic activities or structures)模
式(pattern)的数据库。例如著名的N连接糖基化(N-linkglycosylation)Asn-Xxx-Ser/Thr模式
(pattern)。 |
| 名称 ProtLoc |
时间 |
| 版本 1.0 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 本程序用来从蛋白质的氨基酸组成预测蛋白质在细胞内的定位。 |
| 名称 RAMHA(tm) |
时间 Copyright(c)1991,1992 |
| 版本 1.0 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 RAMHA(tm):蒙特卡洛(Monte Carlo)人造cDNA(synthetic cDNAs)随机突变(random
mutagenesis)模拟(simulation)程序。 Random mutagenesis是一个进行蛋白质结构功能分析的有力工具。一种方法就是利用参杂亚磷酸根核苷(doped
nucleoside phosphoramidites)的cDNA合成。RAMHA(tm)即是为在PC机上模拟这种随机cDNA突变而编写。用户可以输入cDNA序列及不同的突变参数(parameters
of the mutagenesis)，RAMHA(tm)即会模拟用户定义数目(user-specified number)的寡聚核苷酸(oligos)的合成,并将其(按所有可能的编码)翻译成多肽链(translate
each into polypeptides) 并给出各种统计数字，包括突变蛋白质和野生型蛋白质序列相似性百分比的平均数,结果蛋白质含有野生型序列的几率，早期开放阅读框中止位点(premature
open-reading frame terminations)的百分比。 |
| 名称 SAGITTARIUS DNA Block Marker |
时间 |
| 版本 |
操作平台 DOS |
功能简介 SAGITTARIUS DNA Block Marker是一个软件包，它用蛋白质k-tuples统计算法(protein
k-tuples statistic)来寻找exon/intron的剪切位点？(注:原文为exon/ intron structure
revealing)
输入文件:任何序列文件(.SEQ).用户也可以选择自由的序列文件格式,如GCG－style文件,GENBANK或EMBL数据库标准的序列文件格式等。
输出文件：输出到显示器或EXONS.RES文件中。输出的内容包括编码区域(start-end, frame#, weight)及其相应的氨基酸序列，并列出其所建议的基因装配序列(assembled
gene sequence)(start-end and frame# for all included regions) 和相应的完全编码氨基酸序列(full
coded aminoacid sequence)。 |
| 名称 VHMPT |
时间 |
| 版本 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 VHMPT（Viewer and editor for Helical Membrane Protein Topologies）是螺旋状膜蛋白拓扑结构观察与编辑软件，可以自动生成带有跨膜螺旋的蛋白的示意性2维拓扑结构，并可对拓扑结构进行交互编辑。由台湾生物医学科学研究所的黄明经博士编制。安装Tcl 8.0 (2.6M)方可运行。 |
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