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| 名称 act_v1 |
时间 |
| 版本 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 act为Artemis Comparison Tool的缩写,DNA序列比较查看器,基于Artemis程序写成，也是以Java语言推出,需要安装JRE1.2后(5.1M),直接双击便可执行.主要用来读取与显示blastx与tblastx的比较结果，也可以读取与图形化查看EMBL与GENBANK数据库的条目，为英国桑格中心推出. |
| 名称 ANNHYB |
时间 |
| 版本 3.5-11 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 ANNHYB用来帮助进行PCR引物设计与基因探针设计，对短DNA序列，它可进行补体序列生成、融合温度预测、GC百分含量计算、分子量计算、摩尔消光系数计算等功能。3.5版本增加了许多功能，包括序列检索、注释、编辑，格式转换，限制酶分析、翻译、序列查找、反序与补序、序列统计、ORF查找、寡序列分析、探针分析等等，是一个有用而方便的小工具。 |
| 名称 Artemis |
时间 |
| 版本 1.0 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 Artemis是a DNA sequence viewer and annotation tool的缩写，为一个免费的DNA序列查看器与注释工具，可以以图形形式查看序列的各种分析结果与特性。以Java写成，需要安装JRE1.2后(5.1M)，直接双击便可执行。程序读取EMBL与GENBANK格式的序列与纯DNA序列，为英国桑格中心推出。 |
| 名称 Cloning |
时间 |
| 版本 |
操作平台 DOS |
功能简介 根据一个基因与某一DNA库中clones相关的概率，可从理论上推测覆盖全部基因的clones数在统计学上属于泊松分布.(The probability of a gene being intact in a DNA library is derived theoretically assuming that the number of clones containing the whole gene has a Poisson distribution.)
本程序可计算：
1. 一个基因与给定数量的（一个或多个）clones相关的概率；
2、根据基因与某一clones相关的概率值，计算一个基因库中所含clones的数量；
3. 一个基因中的DNA序列存在于文库中的可能性(the probability of the DNA sequence of the
gene being present in the library )。
4. 本程序同时提供图表显示,即绘制概率分布图(The program also displays a graph of the probability
distribution of the number of clones harbouring the gene intact)。
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| 名称 COMAP |
时间 |
| 版本 1.0a |
操作平台 DOS |
| 功能简介 COMAP可以帮助从已知数据(digestion data)中构建小DNA片断的限制性图谱(construction
of restriction maps of small DNA fragment).本程序有一个图形用户工作接口, 类似于蛋白质分析程序PROFILEGRAPH.
COMPA本身并不能从数据中计算出图谱，但它可以帮助用户更方便的工作. |
| 名称 DFW |
时间 |
| 版本 2.21 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 DNA for Windows的缩写，是一个易于使用的DNA分析软件，主要用于小规模序列分析，例如用来编辑与显示ABI仪器获得的色谱文件。程序具有DNA翻译与限制酶分析功能，并可以利用外部程序CLUSTALW 进行序列排队。 |
| 名称 Digest |
时间 |
| 版本 |
操作平台 DOS |
功能简介 Digest对DNA序列文件进行扫描以查找限制性位点(restriction sites)。它提示用户指出将用何种酶进行切割，如果这种酶存在于数据库文件WISCONSI.920中，它可以列出所有的酶切位点并将片断以长度分类。本软件应用Gilbert的UREADSEQ模型，它可以支持现存的绝大多数序列文件格式，现将其列出：
1. IG/Stanford...........10. Olsen (in-only)
2. GenBank/GB............11. Phylip3.2
3. NBRF..................12. Phylip
4. EMBL..................13. Plain/Raw
5. GCG...................14. PIR/CODATA
6. DNAStrider............15. MSF
7. Fitch.................16. ASN.1
8. Pearson/Fasta.........17. PAUP
9. Zuker.................18. Pretty (out-only) |
| 名称 Diverge |
时间 |
| 版本 1.0 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 Diverge用来估算取代核苷的数量.(A PROGRAM FOR ESTIMATING THE
NUMBER OF NUCLEOTIDE SUBSTITUTIONS USING DIFFERENT MULTIPLE HITS CORRECTING
METHODS) |
| 名称 DNAPROBE |
时间 |
| 版本 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 为了确定蛋白家族新成员的基因序列，常常需要根据蛋白序列对比设计核苷酸序列。DNAPROBE便是用来帮助在这种情况下进行核苷酸序列设计。 |
| 名称 Dnasp |
时间 |
| 版本 3.5 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 DNA序列种群遗传学分析软件，输入排队后的DNA序列文件，进行种群内和种群间的多态性（polymorphism）、不稳定连接、重组及基因转变分析，输出为表格与图谱。
它提了供十分丰富的工具菜单。但是它并不是一个序列比对软件，如果需要这方面的功能，可以使用前述的CLUSTAL W等软件。 |
| 名称 DNAssist |
时间 |
| 版本 1.4 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 非常好用而且有名的DNA分析共享软件，含有部分蛋白序列分析功能。可以全功能使用90天。90天后仍然能够全功能使用，只是启动延时。 |
| 名称 Frame |
时间 January 1993 |
| 版本 |
操作平台 DOS |
功能简介 Frame用两种不同的方法来检验DNA序列:
－第一种方法的基础是密码子第三个位置上的G+C. 根据摆动性现象，在G+C含量高的DNA上的密码子的第三个碱基通常是G或C.本程序计算第三个碱基上是G或C的密码子的数目，并将百分比结果
图形化;
－第二种方法的基础是生物体使用密码子的方式。特别的，有机体会优先选用一些密码子来编码 氨基酸。本程序会将用户选择的密码子的使用几率平均(This
program will average the codon usage for the number of codons the
user selects)。程序会对每个阅读框这样做并输出图形结果.
举例说明：如果密码子CCU在19，730个密码子中出现34次，则程序会在表中输出值34/19,730 = 0.001723. |
| 名称 Gmap |
时间 |
| 版本 2.0 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 Gmap的设计目的是帮助生物学家进行综合基因设计(synthetic gene design)及自然基因(野生型wild
type)的模块重设计(modular redesign of natural genes).而进行自然基因的重设计是为了使设计对将来的基因处理(future
manipula- tions of the genes)有用的"cassettes"更加容易。Gmap应用"e-generic"算法来查询DNA序列中的限制性位点(restriction
sites)。Gmap的主要功能是查找编码蛋白质的DNA序列上的潜在的限制性位点；查找nob-ambiguousDNA序列上的限制性位点，这些位点可以通过一个或两个三位点突变(three
mutations)导入(be introduced into)该序列而不引起氨基酸序列的改变(例如沉默突变silent mutation)。 |
| 名称 GEL |
时间 Feb 17 1989 |
| 版本 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 GEL获取一套标准DNA片断长度及其(在凝胶上的 *编者注)移动性(sizes and mobilities)，以预测未知DNA片断的长度.GEL
applies a least squares fit to the reciprocal relationship between
mobility and fragment length originally detailed by Southern (Anal.
Biochem 100,319-323[79]). 本版本允许用户自己编辑个人标准并且进行重计算时不须重新输 入未变化的数据. |
| 名称 Geometry |
时间 copyright(C)1995-1996 |
| 版本 2.0 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 Geometry是 一 个 压 缩 的 软 件 包,它可以用序列空间上的统计几何学(statistical
geometry in sequence space)来作核酸序列分析. |
| 名称 Intana |
时间 1992 |
| 版本 3.0 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 Witold Filipowicz ( Friedrich Miescher-Institut，
CH-4002 Basel, Switzerland)的一篇文章介绍了动物和植物的内含子(introns)的碱基组成(base composition)存在根本的不同(basic
differences).受到他的启发,我们想检测Volvox carteri(一种多细胞藻类a multi-cellular alga)的内含子，以期发现他们的规律.这就是本程序所做的.你可以从给定的350个内含子列表中以5'或3'顺序浏览它们，或者研究与其相邻的外显子部分(adjoining
exon-parts).本程序随后生成一个consensus-sequence来显示每个位点上那个或那种碱基组合的出现频率最高.本程序也可以对频率的百分数作图形显示. |
| 名称 JaMBW |
时间 |
| 版本 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 Java语言是一个跨操作平台的语言,用该语言编写的软件,可以跨操作平台使用,只要这个系统有支持Java语言的环境即可.在Windows环境下,IE与Netscape
浏览器均支持Java 语言,所以用 Java语言编写的分子生物学软件JaMBW便是在浏览器下工作的.JaMBW是一个分子生物学软件包,功能包括：序列格式转换、求序列的补体序列与逆序列、将DNA序列翻译成蛋白序列、序列分析、
多序列比较、特征位点查找、3维分子结构查看、PCR引物设计、缓冲液设计等功能,包含了分子生物学研究常用的一些操作.JaMBW是一个非常出色的工具软件. |
| 名称 Marker |
时间 January 1992 |
| 版本 1.1 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 Marker用来生成DNA长度标准(DNA length standards)及限制性片段图样(restriction
fragments pattern). 用 户 可 以用它来生成新的长度标准(length standards)或 检 查 出任何序列的分裂位点(cleavage
sites)/消化图样(digestion pattern). |
| 名称 MARS |
时间 |
| 版本 1.0 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 MARS(Make A Restriction Site)帮助用户找出DNA序列上易于转换成限制性位点(restriction
site) 的位点.本程序扫描一个DNA序列来计算限制性序列出现的几率(scanning a DNA sequence for the
occurrence of an almost restriction sequence). |
| 名称 MatInd |
时间 |
| 版本 1.0 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 MatInd软件从一系列DNA序列或核苷分布矩阵中生成一个转录因子结合位点矩阵描述.MatInspector用这些矩阵描述扫描核酸序列寻找与这些结合位点相匹配的序列.MatInd接受两种不同的数据输入类型：核酸序列或核苷分布矩阵.
MatInd生成三个输出文件：resultname.align，resultname.mat,resultname.sel . |
| 名称 Numclone |
时间 |
| 版本 1.02 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 Numclone可以估算出在一个基因组文库中发现一个符合要求的克隆需要掩盖的克隆数目(estimates the number of clones one has to screen from a genomic library in order to find a desired clone).本程序使用的运算法则可见于：page 9-3 of Molecular Cloning: A Laboratory Manual (second edition) by Sambrook, Fritsch and Maniatis, Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, 1989. |
| 名称 nnBrian |
时间 |
| 版本 |
操作平台 Windows 3.1x, 95 |
| 功能简介 本程序包包含了DNF方程(DNF functions)并结合了BRAIN(Batch Relevance-based Artificial INtelligence)算法(Rampone, S. (1998) Recognition of Splice-Junctions on DNA Sequences by BRAIN Learning Algorithm. Bioinformatics Journal, to appear)从Irvine Primate Splice Junction DataBase中产生的神经网络模型(Neural Net).
NN Brain可以减少经典的Discriminant Analysis程序(Solovyev, V.V., Salamov, A.A., Lawrence, C.B. (1994) Predicting internal exons by oligonucleotide composition and discriminant analysis of spliceable open reading frames. Nucleic Acids Research, 22(24), 6156-5153)在人类DNA结合位点(splice site locations in human DNA)预测中所产生的错误数量. |
| 名称 OligoMutantMaker |
时间 |
| 版本 1.0 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 OligoMutantMaker查找一段核苷酸序列，这段序列可以将一个限制性酶切识别位点 (restricti
on endonuclease recognition)导入(introduce into)密码子替换位点突变 (the codon
substitution site of the mutant)中；从而可以简化寡聚核苷酸指导的单氨基酸替 换试验的设计及筛查. 本程序利用遗传密码的冗余产生给定的氨基酸替换的所有可能的核酸序列[包括紧连着(
immediately adjacent)替换位点(substitution site)的在5'和/或3'端密码子中含有沉默突变(silent
mutations)的核酸序列]，并判定限制性酶 切序列(restriction endonuclease recognition
sequences)是否存在。程序在打印或显示任何 含有限制性位点的核酸序列的同时会给出其位点的相关信息，包括其限制性内切酶(restriction
enzyme(s))，（内切）酶的识别序列的随机频率(the random frequency of the enzyme's recognition
sequence(s))，（内切）酶的原型(the prototype of the enzyme)，（内切）酶的 同切酶(isoschizomers
of the enzyme)，以及从不同的生化试剂提供商(biochemical suppliers)购买每单位酶所需要的花费. |
| 名称 pDRAW |
时间 |
| 版本 3.2 |
操作平台 |
| 功能简介 pDRAW是又一个非常方便的质粒绘制工具与DNA分析工具.它包括DNA序列输入与分析、限制酶消化分析以及环形与线性DNA图形输出等许多功能.
作者将许多选择设计成选项，只须你选择即可，使用非常方便. |
| 名称 PrimerGen |
时间 |
| 版本 1.1 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 PrimerGen搜索一个氨基酸残基链并按照用户需要的长度范围及最大简并数目来反向翻译出寡核苷酸引物. |
| 名称 Plasmid Drawy |
时间 |
| 版本 1.1 |
操作平台 DOS |
功能简介 功能简介 Plasmid Drawy用于绘制质粒图.其主要功能特性:
－允许用户在质粒上设置位点(placement of sites)而无须计算所有的角度(angles);
－用户可以将绘制结果存入.pcx文件;
－支持绝大多数的针式打印机及激光和桌面打印机. |
| 名称 RDP |
时间 |
| 版本 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 recombination detecting program的缩写.从一组排队比较（align)的核酸序列中查找潜在的重组体.
输入的排队比较核酸序列文件格式支持 FASTA,GCG,NEXUS, CLUSTAL or DNAMAN等格式. 解压后有一个详细的Word格式的帮助文件. |
| 名称 SIGNAL SCAN |
时间 |
| 版本 4.0 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 SIGNAL SCAN用来对DNA序列进行分析以发现已知的真核信号(eukaryotic signals). |
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