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| 名称 Atv |
时间 |
| 版本 |
操作平台 Windows/DOS |
| 功能简介 Atv为A Tree Viewer的缩写，用来显示和处理"New Hampshire"与NHX格式的进化树文件，其是用于phylogenomics的FORESTER系统的一部分。由于其是一个Java语言编写的工具，因此需要安装Java 1.1(JDK)以上版本的JAVA虚拟环境才能运行，其本身不仅可以作为一个应用程序，也可以作为一个Applet/JApplet。JDK1.3下载地址为:
http://java.sun.com/j2se/1.3/download-windows.html |
| 名称 FORESTER |
时间 |
| 版本 |
操作平台 Windows/DOS |
| 功能简介 用于系统发生树的分析系统。由于其是一个Java语言编写的工具，因此需要安装Java 1.1(JDK)以上版本的JAVA虚拟环境才能运行。JDK1.3下载地址为:
http://java.sun.com/j2se/1.3/download-windows.html |
| 名称 GeneTree |
时间 |
| 版本 1.0.1 |
操作平台 Windows/DOS |
| 功能简介 GeneTree用于比较不同种系的基因进化关系，并能以系统发生树的形式表现出来。 |
| 名称 NDE |
时间 |
| 版本 0.4.3(缺) |
操作平台 Windows/DOS |
| 功能简介 NDE是用来编辑NEXUS格式文件的程序，见上TREEVIEW。它只具有编辑功能，并不具有分析功能。 |
| 名称 Pedraw |
时间 |
| 版本 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 Pedraw可以用文本模式或图形模式绘出家族树(family trees)。它可以帮助用户进行遗传分析(genetics research)，特别是用Linkage和Linksys包进行连锁分析(linkage analysis)。 |
| 名称 PHYLIP |
时间 |
| 版本 3.5c |
操作平台 DOS |
| 功能简介 PHYLIP 用来进行进化树分析。三个自解压软件包括了说明文件与C语言原代码。它可以分析DNA与蛋白序列，限制位点等，并可绘制进化树。程序含有许多选项可以精确控制与分析。 |
| 名称 Phyltools |
时间 |
| 版本 1.23 |
操作平台 Windows/DOS |
| 功能简介 Phyltools 是Phylogenetic Computer Tools的缩写，是一个与进化树软件Phylip共同使用的软件,用来计算与处理进化树数据的软件，包括RFLP、RAPD与AFLP数据。 |
| 名称 SDSE |
时间 1989 |
| 版本 2.0 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 DSE:DNA序列进化模拟器(Simulation of DNA Sequence Evolution)
程序XSIM用来作为模拟器，XSET,XSCH,XSEC和XDIV可以帮助运行模拟。XSET可以建立数据磁盘驱动；XSCH则可以编辑任何核苷酸取代方案并计算相应的nucleotide
equilibrium frequencies；XSEC生成一个有给定nucleotide frequencies的随机DNA序列(random
DNA sequence),这可作为一个祖先序列(ancestral sequence);XSIM 使用substitution rates模拟这段祖先序列的进化并在经历了所需要数目的随机核苷替换(experienced
the desired number of random nucleotide changes)后生成一段“已进化的”序列；最后XDIV比较两个“已进化的”序列并计算几个进化距离索引(indexes
of evolutionary distance).所有这些程序都可以通过一个基本菜单操作. |
| 名称 Spectrum |
时间 |
| 版本 2.3.0 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 Spectrum 用来分析进化信息而不用将之转化为进化树。 |
| 名称 TREECON |
时间 |
| 版本 1.3b Demo |
操作平台 DOS |
| 功能简介 TREECON用于构建和绘制进化树（基于核酸或蛋白序列进化距离）。在基于进化距离构建和绘制进化树过程中，可以使用多种不同的算法。Demo版的功能有些限制。 |
| 名称 TreeMap |
时间 1995/10/12 |
| 版本 1.0a |
操作平台 DOS |
| 功能简介 TreeMap用来可视地比较寄主、寄生虫之间的进化树。 |
| 名称 tree-puzzle |
时间 2000/10 |
| 版本 5.0 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 tree-puzzle利用序列数据的最大相似性构建进化树，其依靠快速进化树搜索算法，可对大量数据进行快速分析构建。该程序还可以计算双序列比对是的最大近似相似性距离，以及用户定义的进化树的分枝长度。此外，该程序还包括数个统计测试。该程序具有详细使用手册及程序源代码。 |
| 名称 TreeView |
时间 |
| 版本 1.5.2 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 Tree View软件用来生成进化树，可以读取NEXUS(*.nex,*.tre, *.trees)、PHYLIP(*.phy)、Hennig86、NONA、MEGA、以及ClustalW/X格式文件，生成进化树,并输出到打印机。此外，其还可以支持TrueType、Postscript型字体；支持原始图形文件；可以打印预览，并对进化树进行编辑。 |
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