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| 名称 Authorin |
时间 |
| 版本 1.2 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 Authorin可编辑核酸和蛋白数据,并对数据进行格式(包括 GenBank、EMBL、DDBJ、PIR,
MIPS, and JIPID) 转换,以便于向数据库提交.Authorin可以对序列条目的不同部分 (如Submitter Information、Citation
Information、Source Host等) 分别进行编辑. |
| 名称 BED |
时间 |
| 版本 1.0 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 BED(the "Base EDitor")是一个序列编辑软件,序列文件可以以两种格式保存:BED
Self Format File 和 ASCII Pure Form File. |
| 名称 CODONS |
时间 |
| 版本 1.4 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 CODONS可从序列文件中读取数据并将其转化为 "LWL" 格式, 即:
triplets separated by spaces;sequence length in columns 74-79 &
gene name in columns 2-73 of the first line. |
| 名称 DCSE |
时间 |
| 版本 2.60 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 DCSE( Dedicated Comparative Sequence Editor ) 是一种多序列比对编辑器，可对蛋白、DNA和RNA比对结果进行编辑.
编辑过程中,对应序列的分子结构可整合到比对中.另有一辅助程序Convers,其支持IG Suite、Genbank、EMBL、PIR格式，可进行转换,并将新序列加到比对序列中去. |
| 名称 Digiseq |
时间 |
| 版本 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 Digiseq是一个DNA序列格式化软件. |
| 名称 Dolink |
时间 |
| 版本 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 Dolink 应用数据库中的数据对用户进行遗传分析(genetic analyses) 提供便利.
Dolink本身并不是一个数据库，它本身也不能进行遗传分析.它能够读取数据库提供的数据文件并对其进行重新组织.然后它将重新组织后的数据信息输出成合适的格式,作为其他可进行遗传分析的程序的输入文件.
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| 名称 ESEE |
时间 1989 |
| 版本 1.09e |
操作平台 DOS |
| 功能简介 ESEE(Eyeball Sequence Editor)是一个多序列编辑器,它为用户提供一个基本的字处理程序.它是序列分析实际所需要的最基本的工具. |
| 名称 GeneDoc |
时间 |
| 版本 |
操作平台 |
| 功能简介 界面友好的多序列比对编辑分析软件,输入序列要求为GCG的MSF文件格式,具有详细的帮助文件,值得一用. |
| 名称 ProMSED |
时间 |
| 版本 2.0 |
操作平台 |
| 功能简介 ProMSED，即蛋白质序列多重比对编辑器，能够进行可视化的自动或手动蛋白质多序列比对、编辑，其编辑特性类似于常用的word编辑器；
可以导入NBRF/PIR、EMBL、SWISS-PROT、FASTA (Pearson)、Intelligenetics、CLUSTAL、GCG/MSF格式文件.
自动进行多序列比对时采用ClustalV 算法; 手动比对及可视化编辑分析则依赖于氨基酸的颜色(颜色是根据氨基酸物化、变异、二级结构及其它性质进行分类的，因此颜色反映氨基酸在这些性质上的相似性). |
| 名称 ReadSeq |
时间 Copyright 1990 |
| 版本 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 ReadSeq可以读取不同格式的 核酸/蛋白质 序列并将其转换成用户需要的格式. |
| 名称 REPFIND |
时间 October 22, 1995 |
| 版本 15 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 REPFIND为一Dos界面下应用程序,以DNA序列(几种格式)作为输入,以GenBank 格式输出相同序列.在输出文件中，加入了关于通用（common）重复序列特征、位置等注释信息的特征表.在缺省的情况下,程序可以识别已知的人类重复片段.该软件可以接受并标出用户自己感兴趣并定制的序列.
用户也可以选择程序输出的格式,如可以用字母X来替换重复的核苷酸序列以方便对数据库的查询. 该程序还可以识别并删除其中的载体序列(vector
sequence). |
| 名称 Seqverter |
时间 |
| 版本 1.3 |
操作平台 |
功能简介 Seqverter为一文件格式转换工具，其功能有:
1.同时打开多个序列文件;
2.查看文件中的序列;
3.只对文件中部分序列子集进行格式转换;
4.合并多个不同文件中的序列为一个文件;
5.分割单个或多个序列文件中序列为独立的单序列文件.
该软件支持的格式有:
单序列格式文件：ABI(只能输入,不能导出), DNAStar/DNA/Lasergene, IBI/PUSTELL, SCF(只能输入，不能导出);
多序列格式文件:Clustal、DNAStrider、EMBL(只能输入,不能导出)、FASTA、NEXUS、GenBank、MACAW(只能输入，不能导出)、MSF、PHYLIP
Interleaved、SWISS-PROT(只读不写). |
| 名称 S2P(Seqanalref_to_Procite) |
时间 Aug 29 1993 |
| 版本 1.1 |
操作平台 DOS |
功能简介 S2P(Seqanalref_to_Procite)可将SeqAnalRef格式文献转换成ProCite输入格式(ProCite import format).
注: EMBL及SwissProt文献使用的都是同样的文件格式即SeqAnalRef. |
| 名称 Trafor |
时间 |
| 版本 |
操作平台 |
| 功能简介 格式转换程序，可将SSU和LSU格式的序列文件转换为PIR、TREECON、DCSE align格式. |
| 名称 Vised |
时间 |
| 版本 1.1 |
操作平台 |
| 功能简介 具有友好的使用界面，序列编辑具有类似于word编辑器的功能；可以同时显示、编辑最多200个核酸蛋白序列(18,000个字符);
具有强大的模式搜索功能( 使用 prosite模式);支持多种序列格式;可从库文件中抽取序列;可使用灵活的显示功能进行图形准备; 可以直接读取MACAW文件，并能将各序列中的同源顺序标出；可根据通用遗传密码(也可以由用户指定)读取核酸的一种或六种阅读框,以预测蛋白质序列；此外还可模糊查找特定序列.
支持的格式包括:IG/Stanford；GenBank/GB;NBRF;EMBL; GCG；DNA Strider；Fitch；Pieron/FASTA；PIR/CODATA，及普通文本. |
| 名称 WinSeq |
时间 |
| 版本 |
操作平台 |
| 功能简介 多格式分子生物学序列编辑器,可输出以下格式:1.IG/Stanford; 2.GenBank
/GB;3. NBRF;4. EMBL;5. GCG;6. DNAStrider;7. Fitch;8. Pearson/Fasta;9.
Zuker (只可读入);10. Olsen(只可读入);11. Phylip3.2;12. Phylip;13. Plain/Raw;
14. PIR/CODATA;15. MSF;16. ASN.1;17. PAUP/NEXUS;18. Pretty(只可读入). |
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