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| 名称 Align |
时间 |
| 版本 1.0 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 Align包含两个程序: ALP3.C是一个蛋白质序列比对程序,可以一次进行三个序列的比对.
ALN3.C是一个核苷序列比对程序,可以一次进行三个序列的比对. |
| 名称 BLAST |
时间 |
| 版本 |
操作平台 |
| 功能简介 经典的双序列比对程序,但资源消耗较大. |
| 名称 ClustalW |
时间 |
| 版本 1.7 |
操作平台 DOS |
功能简介 ClustalW是一个DNA或Protein的多重序列比对软件,功能十分强大.它提供如下几种基本功能:
1.Sequence Input From Disc 支持的文件格式有FASTA and NBRF-PIR,EMBL-Swiss,
CLUSTAL,CCC-MSF,CCC-RSF;
2.Multiple Alignments;
3.Profile/Structure Alignments;
4.Phylogenetic trees. |
| 名称 Consense |
时间 Copyright 1993 |
| 版本 |
操作平台 DOS |
功能简介 本程序用来计算寻找序列比对中的共同序列.其目标是:
－ 鉴定蛋白质结构域(Identification of protein domains)；
－ 加强比对(Improvement of alignments)；
－ 转换文件格式(Toggling between file formats). |
| 名称 DISTREE |
时间 |
| 版本 |
操作平台 |
| 功能简介 对于基于不同模式的双序列比对,DISTREE可计算比对序列的碱基替换率，以及其标准误差. |
| 名称 K-Estimator |
时间 Copyright 1996-1999 |
| 版本 5.5 |
操作平台 Windows95/98/2000 |
| 功能简介 K-Estimator在进行两条核酸序列的比对时
(comparing two aligned nucleotide sequences),对于编码和非编码序列都可以估计每个位点的核苷酸替代的数目(the number of nucleotide substitutions per site)
{synonymous [Ks] and nonsynonymous [Ka] for coding regions, and overall [K] for noncoding regions}.
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| 名称 MACAW |
时间 1991 |
| 版本 |
操作平台 Windows95/98 |
功能简介 MACAW(Multiple Alignment Construction and Analysis
Workbench)可以使用户通过定位(locating),分析(analyzing)，编辑(editing)及将比对序列片段 (aligned
sequence segments)联合成块(combining "blocks")来构建(construct)多重比对 (multiple
alignments).
对比以前,MACAW整合了几个新特性:
(1)使用新的搜索算法(a new search algorithm)来定位局部相似区域(regions
of local similarity),这避免了以前的技术所带来的许多限制;
(2)使用最新发展的数学理论(a recently developed
mathematical theory)来评估块相似性的统计学意义(the statistical significance of
blocks of similarity);
(3)使用多种 可视化工具(visualization tools)对候选块(candidate
blocks)进行评估以预测其包含于多重序列比对中的潜在可能性(potential inclusion in a multiple
alignment);
(4)有一个用户界面(user interface)允许用户对块(block)进行逐个编，用户可以移 动块边界(moving
its boundaries),剔除特定片段(eliminating particular segments)或将块链 接起来以形成复合多重比对(be
linked to form a composite multiple alignment).
没有一个全自动的程序可以有效地解决多重序列比对中所有的复杂问题，MACAW将可变编辑，分析
及显示工具同一个简单但是强大的算法整合在一起，从而将比对分解成易解决的问题. |
| 名称 Motif |
时间 |
| 版本 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 Motif是一个从一个或一组序列中查找给定序列的工具. |
| 名称 Mult |
时间 |
| 版本 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 Mult是一个多重序列比对程序. |
| 名称 Pattern |
时间 |
| 版本 |
操作平台 DOS |
| 功能简介 Pattern是一个搜寻序列中模体(pattern of motifs)的工具. |
| 名称 ProMSED2 |
时间 |
| 版本 2.0 |
操作平台 Windows95/98 |
| 功能简介 ProMSED2是一个Windows下的应用程序,它用于自动或者手工的对DNA和蛋白质的序列进行比对(alignment),编辑(editing)对比(comparison)和分析(analysis). |
| 名称 Puzzle |
时间 |
| 版本 4.0.2 |
操作平台 Windows 95/98/NT |
| 功能简介 Puzzle是一个大分子序列分析软件. |
| 名称 SILMUT & TABLE |
时间 |
| 版本 |
操作平台 DOS |
功能简介 SILMUT和TABLE可以帮助用户在一段序列中鉴别出可以被修改从而导入限制性酶切位点的区域以及
其他沉默突变序列.本程序的工作原理基于以下的文章:
1. B. Shankarappa, D.A. Sirko, and G.D. Ehrlich. A General Method
for the Identification of Regions Suitable for Site-Directed Silent
Mutagenesis. BioTechniques 12, No. (3): 382-384
2. B. Shankarappa, K. Vijayananda, and G.D. Ehrlich. SILMUT: A
Computer program for the Identification of Regions Suitable for Silent
Mutagenesis to Introduce Restriction Enzyme Recognition Sequences.
BioTechniques 12, No. (6): 882-884. |
| 名称 SIM |
时间 copyright (c) 1990,1991 |
| 版本 |
操作平台 DOS |
功能简介 SIM在两段序列之间或一段序列内寻找k best non-intersecting比对.使用动态编程技术,SIM可以
保证发现目标比对(optimal alignments).程序将这些比对按照相似程度从高到低列出.K best比 对没有比对配对(share
no aligned pairs).SIM 需要与输入和输出相应的空间,它一次可以操作数万到数十万个工作站上的碱基对.
注:本压缩包内只有C语言源程序. |
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